1777 wurde er zum Leutnant. Er segelte zwischen den Westindischen Inseln. Während des amerikanischen Unabhängigkeitskrieg kämpfte er auf Britischer Seite gegen die Aufständischen. Im Alter von 20 Jahren, im Juni 1779, wurde er zum Kapitän. Zunächst kommandierte er die Fregatte Hitchenbroke. Nelson litt fast immer an Seekrankheit

1781 bombardierte er die spanische Seefestung von San Juan in Nicaragua. Obwohl das Bombardement erfolgreich verlief, musste Nelson schließlich aus gesundheitlichen Gründen nach England zurückkehren. Nach einem Jahr übernahm er das Kommando der Albemarle, auf der er weiter gegen amerikanische Rebellen bis zum Ende des Krieges 1783 kämpfte.

1784 erhielt Nelson das Kommando über die mit 28 Kanonen bestückte Boreas und kreuzte fortan in den Gewässern vor Antigua. Die abtrünnigen amerikanischen Provinzen durften mit den britischen Kolonien in der Karibik keinen Handel treiben. Nelson versenkte vier amerikanische Schiffe vor Nevis. Nelson wurde von den Schiffseignern wegen illegaler Beschlagnahme des Gutes verklagt. Die Klage wurde von den Händlern von Nevis unterstützt. In dieser Zeit lernte er seine spätere Frau Fanny kennen, die er am 11. März 1787 zum Ende seiner Mission in der Karibik heiratete.

Als die Französische Revolution über die Grenzen Frankreichs wucherte, wurde er erneut in den Dienst gerufen, nachdem er mehrere Jahre außer Dienst gestellt wurde. Die mit 64 Kanonen bestückte Agamemnon wurde ihm 1793 anvertraut. Mit diesem Schiff begründete er seinen historischen Ruhm

1794 wurde ihm in Calvi auf Korsika ins Gesicht geschossen. Dies brachte ihn um sein rechtes Augenlicht. auch auf dem linken Auge stellte sich eine Trübung ein. So litt Nelson bis zu seinem Tode unter schleichender Erblindung.

1796 übernahm John Jervis das Kommando über die Mittelmeerflotte, Nelson wurde daraufhin zum Commodore. Er befehligte das Flaggschiff Captain.

1797 jedoch wurde Nelson durch seinen entscheidenden Anteil am Sieg der Briten über die spanische Flotte vor Kap St. Vincent berühmt und leitete eine Wende im Seekrieg ein: Entgegen den Befehlen seines Admirals John Jervis, des späteren Earl St. Vincent, lief er aus der Schlachtlinie, eroberte u.a. zwei spanische Schiffe, die SAN NICHOLAS und die SAN JOSEF, und verhalf mit seinem Manöver der britischen Flotte zum Sieg. Die spektakuläre Aktion, die ihm vielleicht auch seine Karriere hätte kosten können, verhalf ihm nun zum Ritterschlag und der Beförderung zum Konteradmiral.

Nelson hatte offensichtlich ein für sich einnehmendes Wesen und viel Protektion, u.a. von Admiral Jervis, gegen dessen Befehl er gehandelt hatte und unter dem er nun Zweitkommandierender im Mittelmeer wurde. Auch das z.B. der damalige Kapitän und spätere Admiral Collingwood Nelsons Schiff bei St. Vincent gefolgt war, zeigt, wie sehr die Persönlichkeit des späteren Seehelden zu seinen militärischen Erfolgen beitrug.

Noch im Jahr 1797 führte der frisch gebackene Konteradmiral Nelson eine mißlungene Landung auf Teneriffa an, bei der er einen Arm verlor.

Doch schon 1798 kehrte Nelson zum Dienst zurück und jagte die französische Mittelmeerflotte, die aus Toulon ausgebrochen war. Nach einer dramatischen Suche, deren Mißerfolg ihm wiederum die Karriere hätte kosten können, spürte er die 13 Linienschiffe unter Admiral Brueys am 1. August 1798 vor Aboukir (oder Abukir) ankernd auf. Sie hatten das Expeditionskorps des Generals Napoleon Bonaparte in Ägypten angelandet und in vermeintlich sicherer Position festgemacht. Damit begann die Schlacht am Nil, die eigentlich Nelsons Ruhm begründete.

Nelson, ein Mann schneller Entschlüsse, entdeckte die französische Flotte am späten Nachmittag, dachte jedoch gar nicht daran, bis zum nächsten Tag mit dem Angriff zu warten - damit wurden die französischen Verteidiger zusätzlich überrascht. Admiral Brueys hatte Ankerplätze gewählt, die vermeintlich von einer Seite durch Untiefen und Landbatterien gedeckt wurden, von der anderen Seite durch seine von Kanonen starrende Schlachtlinie. Der französische Admiral hatte angenommen, daß Nelson für einen Angriff nur einen Kurs entlang der verankerten Schlachtreihe der französischen Linienschiffe würde nehmen können und durch die Untiefen zudem zunächst auch in der taktisch schlechteren Stellung hätte kämpfen müßen. Doch Nelson steuerte einen Teil seiner 14 Schiffe unerwartet zwischen den feindlichen Schiffen hindurch in den Raum zwischen dem Ufer und der gegnerischen Schlachtlinie. Die unbeweglich vor Anker liegenden Franzosen wurden vernichtend geschlagen, lediglich zwei Linienschiffe unter Nelsons späterem Gegner vor Trafalgar, entkamen mit knapper Not. Dieser Sieg brachte dem wiederum verwundeten Nelson die Baronskrone und unvergänglichen Ruhm.

Bei einer Invasion der Franzosen rettete er die Neapolitanische Königsfamilie. In Neapel lernte Nelson die Ehefrau des britischen Botschafters, Lady Hamilton, kennen. Sie blieb bis zum Tode des englischen Seehelden seine einflußreiche Geliebte, eine für die damalige Zeit skandalöse Beziehung, über die mit wachsendem Erfolg Nelsons aber hinweggesehen wurde.

1800 endlich reiste Nelson gemeinsam mit den Hamiltons über Land nach London (siehe Buchtip) und trennte sich dann in London von seiner Ehefrau.

Am 1. Januar 1801 wurde er zum Vice Admiral of the Blue (dem vierthöchsten Rang). Am 2. April 1801 wurde er in die Seeschlacht vor Kopenhagen verwickelt, in der die komplette Flotte Dänemarks versenkt wurde, um die Neutralität Dänemarks, Schwedens und Russlands zu brechen. Die Kampfaktionen Nelsons waren hinterhältig und tatsächlich hatte er eigentlich von Sir Hyde Parker den Befehl erhalten, die Kampfhandlungen einzustellen. Seine Ausrede war, dass er die Signalflaggen nicht hatte erkennen können, als er das Fernrohr an sein blindes Auge führte. Sein Verhalten wurde rückblickend akzeptiert und so wurde er im Mai Oberbefehlshaber über die Flotten in der Ostsee, zusätzlich erhielt er den Titel Viscount.

Napoleon zog seine Truppen zusammen, um eine Invasion in England zu beginnen. Nelson jedoch sollte den Ärmelkanal verteidigen, um Napoleon zuvorzukommen. Am 22. Oktober wurde aber ein Waffenstillstand zwischen Großbritannien und Frankreich ausgehandelt und Nelson, der kränkelnd darniederlag, kehrte nach England zurück.

Der Friedensvertrag von Amiens dauerte nicht lang an und so fuhr Nelson erneut hinaus. Er wurde Oberbefehlshaber der Mittelmeerflotte und wurde Kommandant der HMS Victory. Mit ihr nahm er zunächst an der Seeblockade von Toulon teil und setzte erst zwei Jahre später wieder einen Fuß aufs trockene Land. Nachdem die französische Flotte durch die Reihen der Engländer brechen konnte, mit Kurs auf die Westindischen Inseln segelte und die Verfolgungsjagd abgebrochen werden musste, zog sich Nelson erneut aus gesundheitlichen Gründen nach Merton in England zurück.

Bis 1804 blockierte er einen französischen Flottenverband unter Villeneuve in Toulon. Als Villeneuve die Blockade durchbrach, verfolgte Nelson seine alliierte französisch-spanische Flotte bis in die Karibik und wieder zurück nach Europa. Er schrieb damals eigenhändig einen Brief an Admiral Richard Bickerton (1759—1832). ‘Victory‘, 22. 10. 1804. Nelson informiert im Schreiben den britischen Admiral Bickerton über die Vorbereitungen eines Kriegsgerichts auf der ‘Tiger‘ und lädt ihn zu einem anschliessenden Essen auf der ‘Victory‘ ein. Bereits am nächsten Tag will er die Anker lichten und wieder in See stechen

Mit einer starken englischen Flotte wartete er vor Cadiz auf das Auslaufen von Villeneuves Schiffen und stellte den französischen Admiral am 21. Oktober 1805 vor Kap Trafalgar. Kurz nach Beginn der Schlacht wurde Nelson von einer Kugel getroffen, lebte aber noch lange genug, um von seinem historischen Sieg zu erfahren.

Nelson erhielt ein pompöses Staatsbegräbnis und wird noch heute in England als Held verehrt.